En 1736 el XV Obispo de Guatemala y Primer Arzobispo Metropolitano Fray Pedro Pardo de Figueroa inició los trámites para la construcción de un grandioso templo de estilo barroco para trasladar al Santo Cristo de Esquipulas.  Los trabajos se iniciaron en el año 1740. Es una plataforma 100 mts. por 50 mts., con orientación de Norte a Sur, a cuya plataforma hay acceso por una escalinata de piedra labrada en su parte frontal de doble vía, con barandajes de concreto o calicanto y por entradas laterales más angostas.  La Basilica 60 por 30 mts. 18 mts de altura en la parte central,  en el segundo piso se definen las torres de las esquinas del edificio, cuatro en total, de las cuales en la de la derecha frontal y sobre el tercer piso, están las campanas, en las de la izquierda están las matracas que anteriormente servían para toda la Semana Santa,  dichas torres tienen una altura de 50 mts..  En la parte de atrás el edificio presenta la misma arquitectura que en la frontal, sólo que en lugar de la puerta principal de entrada, se observa una saliente forma de bóveda en cuyo interior está el Camarín que guarda al Señor. Consta de tres naves, que se interrumpen para dar lugar a la central, donde está montada la Cúpula que proporciona la mayor iluminación interior natural, por sus múltiples vitrales al contorno.  En la entrada del parque de la Basílica se encuentra el monumento dedicado a la memoria del autor del Santuario de Esquipulas, Fray Pedro Pardo de Figueroa, el cuál fue inaugurado en 1943. Fray Pedro fue el último obispo y el Primer Arzobispo de Guatemala. Se coloco una placa que dice: IImo. Sr. Fray Pedro Pardo de Figueroa natural de Lima-Perú, como homenaje del Comité del 2do. Centenario del Arzobispo

Antes de la conquista el Municipio de Esquipulas era reconocido con el nombre de Yzquipulas. Según libro del Cabildo, folio 162.  inicialmente un poblado netamente Chortí, Ysquipulas fue conquistada por primera vez en el año de 1525, por los Capitanes españoles Juan Pérez Dardón, Sancho de Barahona y Bartolomé Becerra, quienes fueron enviados por don Pedro de Alvarado.

El cacique de Yzquipulas se rindió ante los capitanes españoles después de tres días de sangrientos combates, indicando que esto lo hacía: “Más por la paz y tranquilidad pública, que por temor a las armas castellanas”. (Monografía de Esquipulas del Periodista Vitalino Fernández Marroquín)

  El  corregimiento de Chiquimula de la Sierra , con excepción de los valles de Zacapa y Santa Catarina Mita, éra prácticamente de población española y en los valles de Esquipulas fue la más numerosa.

Se asentaron en haciendas fuera del pueblo principalmente en los valles de Olopita, Atulapa, Jagua y Jupilingo.
                                               (Rev. Ricardo Terga, La Mies es Abundante, España en La Chiquimula y Jutiapa Colonial).

Quirio Cataño
De origen portugués, Cataño fue un reconocido escultor y pintor, quien llegó a Guatemala de procedencia ignorada. Llegó procedente de Portugal más o menos en el año 1580, año en el que contrajo matrimonio con Catarina de Mazariegos. Su origen lusitano se debe a una especulación del autor García Pelayo, puesto que en realidad no existen registros ni de su fecha o lugar de nacimiento, ni de su fecha de fallecimiento. Pero también se dice que fue de origen italiano (por el apellido Cataneo).  Se sabe con más certeza que se casó aquí con Catalina Mazariegos y que tuvo un hijo con ella, llamado Jerónimo, así como que la pareja adoptó varios niños más. Algunos especialistas coinciden en afirmar que su formación artística debió hacerse en Portugal o Italia, entre los años 1556 y 1575. Su taller estaba instalado en la Calle de los Pasos Perdidos y allí se daban cita un gran grupo de artistas que trabajaban cada uno en su especialidad. El taller de Quirio Cataño, a comienzos del siglo XVII era uno de los más grandes y mejor organizados de la Ciudad de Santiago. Sin lugar a dudas el trabajo más famoso realizado por Quirio Cataño fue la hechura de la imagen de Jesús Crucificado de Esquipulas. También se ha dudado sobre si el Cristo de Esquipulas es obra suya, aunque la mayoría de historiadores, Miguel Alvarez entre ellos, le conceden su paternidad, afirmando que la esculpió entre 1594 y 1595. Asimismo, se sabe que dejó otras obras en El Salvador y en República Dominicana. Durante la Época Colonial Quirio Cataño destacó como uno de los más grandes escultores del Reino de Guatemala.

El documento original estuvo durante muchos años en la Parroquia de Quetzaltepeque, entre los libros parroquiales, hasta que en una visita pastoral el Ilmo. Señor Obispo de Guatemala y de la Verapaz Don Fray Andrés de las Navas mandó se sacara una copia del contrato original que se encontraba muy maltratado.
Juarros y Montúfar, Domingo: Compendio de la Historia de la Ciudad de Guatemala , Vol. XXXIII Biblioteca
Goathemala de la Academia de Geografía e Historia de Guatemala. Guatemala 2000. pag. 431

El siguiente es el texto del contrato efectuado entre
        el Provisor y Vicario General del Obispado de Guatemala y el escultor Quirio Cataño:
 

Muñoz, Miguel: Noticia Verdadera de la Imagen que se venera en la Basílica de Esquipulas . Esquipulas 1827. pag 6-7

Se celebró la Santa Misa y el Obispo les entregó a su CRISTO MORENO. Los nativos colocaron la imagen en una humilde capilla de paja y El  9 de marzo de 1595, el Obispo Fray Gómez Fernández constituye como patrono de Esquipulas al Cristo Negro.

El Cristo original de Esquipulas fue elaborado en estilo renacentista  por el escultor, pintor, dorador y platero Quirio Cataño. La imagen del Cristo de Esquipulas es de buenas proporciones en cuanto a sus medidas anatónimas, su musculatura es fiel al cuerpo humano, su pecho evantado y saliente, su muscultura es fiel al cuerpo humano, su pecho levantado y saliente, sus costillas resaltadas, sus brazos y rodillas colgantes.

           Alrededor de la razón de ser del color oscuro que cubre la imagen,  hay opiniones diversas. Víctor Miguel Díaz, en Las Bellas Artes en Guatemala, asegura que Cataño aplicó el negro como color original a la imagen. Aquí en Guatemala, se dice que Quirio Cataño encarnó al Señor de Esquipulas, de acuerdo con la piel oscura de los antiguos habitantes de Chiquimula, de etnia chol o chortí.  Sin embargo, el arquitecto Eduardo Andrade afirma que cuando se restauró la imagen, se descubrió que originalmente estaba encarnada de blanco. "Fueron años de devoción los que le confirieron su característico tono, debido al humo de velas y veladoras".